Progam Studi Pendidikan Agama Islam Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Mandailing Natal dalam penyusunan visi, misi dan tujuannya, mengacu pada visi, misi, dan tujuan institusi.

Adapun visi Progam Studi Pendidikan Agama Islam Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Mandailing Natal adalah

Terwujudnya pendidikan Islam yang unggul, moderat, dan inovatif serta menjadi rujukan bagi ilmu pengetahuan, teknologi dan seni 

“Menjadi Program Studi Unggul, Moderat, dan Inovatif dalam Pengembangan Ilmu dan Praktik Pendidikan Agama Islam berbasis Transformative Learning, serta Menghasilkan Guru PAI, Asisten Peneliti, dan Edupreneur yang Adaftif terhadap Teknologi Digital untuk Kemaslahatan Masyarakat.”

Misi Program Studi Pendidikan Agama Islam sebagai berikut:

1. Menyelenggarakan Pendidikan PAI berbasis capaian pembelajaran yang unggul, relevan, dan berorientasi pada pembentukan Guru PAI di sekolah/madrasah yang menguasai ilmu PAI, metodologi, serta berkarakter santun, toleran, dan peduli HAM.
2. Mengembangkan jiwa dan keterampilan edupreneur yang kreatif dan mandiri, meliputi penjualan, strategi bisnis, dan komunikasi efektif, guna menciptakan lapangan pekerjaan berbasis solusi ilmiah PAI bagi kemaslahatan masyarakat
3. Mengembangkan riset, publikasi ilmiah, dan inovasi PAI dengan memanfaatkan teknologi digital untuk mencetak Asisten Peneliti yang mampu menyusun proposal, mengolah data, dan mempublikasikan hasil penelitian dalam jurnal ilmiah.
4. Menanamkan dan menginternalisasikan nilai-nilai moderasi beragama dalam seluruh aspek pengajaran, penelitian, dan pengabdian.
5. Mewujudkan tata kelola prodi yang profesional, akuntabel, adaptif, dan berbasis teknologi digital.

Program Studi Pendidikan Agama Islam, sebagai bagian dari sistem pendidikan tinggi, ditujukan untuk:

1. Mengembangkan potensi mahasiswa agar menjadi mahasiswa yang beriman dan bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, berakhlak mulia, berkepribadian unggul, sehat, berilmu, cakap, kritis, inovatif, mandiri, percaya diri, menjadi warga negara yang demokratis, dan bertanggung jawab, memiliki wawasan kebangsaan, menghargai pluralisme dan hakhak asasi manusia, peduli pada pelestarian lingkungan, berintegritas, taat kepada hukum, sikap antikorupsi dan tidak tercerabut dari akar budaya Indonesia.
2. Membentuk manusia yang menguasai ilmu pengetahuan, teknologi dan/atau seni (IPTEKS), dan berkualitas secara spiritual, emosional, intelektual, dan fisik, serta memiliki profesionalisme dan kemampuan kepribadian, serta jiwa kewirausahaan, untuk mendukung peningkatan daya saing bangsa.
3. Mewujudkan mahasiswa yang memiliki daya saing baik secara lokal, nasional dan internasional.

Program Studi Pendidikan Agama Islam STAIN Mandailing Natal mempunyai sasaran sebagai berikut:

1. Terwujudnya lulusan yang beriman, berakhlak mulia dan memiliki karakter qur‟ani.
2. Menghasilkan lulusan yang menguasai bidang ilmu dan mampu menerapkannya dalam kehidupan sehari-hari
3. Menghasilkan lulusan yang memiliki nilai tambah berupa kemampuan bekerja keras, adaptif terhadap perubahan, inovatif, kreatif dan progresif.
4. Menghasilkan lulusan yang mampu mengkomunikasikan ide, gagasan dan pemikirannya secara profesional dan santun dalam upaya mencerahkan masyarakat.
5. Menghasilkan lulusan yang memiliki karakter ulul albab, seperti mengkobinasikan zikir dan fikir, memiliki pemikiran yang terbuka dan mampu memilih yang terbaik dan peka terhadap lingkungan sosial
6. Terselenggaranya program penguatan Prodi Pendidikan Agama Islam yang fokus pada mutu lulusan.
7. Terselenggaranya Program Studi Pendidikan Agama Islam yang berorientasi pada pengembangan ilmu pengetahuan dengan menggunakan pendekatan integratif-trandisipliner.
8. Terselenggaranya proses Tri Dharma Perguruan Tinggi di tingkat fakultas dengan memfokuskan pada pelayanan prima.
9. Terselenggaranya program penelitian dan pengabdian yang berorientasi pada pembentukan masyarakat pembelajar berdasarkan nilai-nilai Islam
10. Terselenggaranya program pengembangan masyarakat pembelajar lewat pemberdayaan unit-unit, lembaga dan pusat-pusat studi
11. Dihasilkannya karya-karya ilmiah, buku, jurnal yang berorientasi pada pengembangan masyarakat dan mendapatkan pengakuan dunia lewat indeksasi artikel ilmiah
12. Terselenggaranya kerjasama dalam bidang Tri Dharma Perguruan Tinggi yang berskala nasional dan internasional
13. Terselenggaranya program-program pemberdayaan dan penguatan tenaga kependidikan yang profesional dan handal
14. Terselenggaranya layanan administrasi akademik yang efektif dan efisien yang merupakan implikasi dari reformasi birokrasi STAIN Mandailing Natal
15. Terselenggaranya pelayanan yang cepat, mudah dan bersahabat dalam upaya percepatan pencapaian visi masyarakat pembelajar.